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厚生労働省の調査

医療施設調査

病院

・放射線治療装置
・Ｘ線ＣＴ装置
・ＭＲＩ
・ＲＩ診断装置
・シングルフォトンエミッションＣＴ(ＳＰＥＣＴ)装置
・ポジトロンＣＴ装置
・ＤＳＡ
・コンピューテッドラジオグラフィー
・デジタル透視撮影
の台数が上巻　第　５７表＿病院数（重複計上）；台数，診療機器・一般病院（再掲）・開設者別などに掲載されています。

診療所

・ＭＲＩ
・Ｘ線ＣＴ装置
の台数が上巻　第１０３表＿一般診療所数（重複計上）；台数，診療機器・病床の有無・開設者別などに掲載されています。

歯科のパノラマＸ線装置

病院

下巻　第　３９表＿病院数（重複計上），歯科設備・都道府県－１３大都市・中核市（再掲）・一般病院（再掲）別などに掲載されています。

診療所

下巻　第　９２表＿歯科診療所数（重複計上），歯科設備・都道府県－１３大都市・中核市などに掲載されています。

衛生行政報告例（旧　厚生省報告例（衛生関係））

第４７表　医療法第25条の規定に基づく立入検査延件数・処分・告発件数・新規開設に伴う使用許可件数・構造設備の変更に伴う使用許可件数，都道府県別の、構造設備の変更に伴う使用許可件数から、エックス線装置の入れ替え数がある程度推測できるかもしれません（ただし、自治体により基準の差異がある。衛生行政報告では立ち入り検査も集計対象にしており集計表の様式上はエックス線装置の台数も項目にあるので少なくとも病院については、ある程度の数はつかめるはず）。

社会医療診療行為別調査

骨塩定量装置の保険診療における検査件数のデータがあります。

民間のデータ

「医療機器・システム白書04 」

「本邦唯一の高度医療機器・システムの詳細データ集。最新高度医療機器とシステムの現状が丸ごと１冊に集約。医療機器とシステムを通して、日本の最先端医療が浮き彫りとなります。特別データとして電子カルテの運用病院・診療所を掲載。」とあります。
新医療のバックナンバーに主だった装置の納入実績が記載されているようです。

「医療機器・用品年鑑　2005年版（17版.全3冊）」

得られるのはフローで購入したものの情報のみ。