６μSv/ｈとなっている理由

この基準は、管理区域の境界が300 μSv／週であったことのなごりです。
その当時は、労働時間が４８時間／週の時代だったので、単純に４８時間作業を仮定すると、線量率が6.25 μSv/ｈであれば、当時の管理区域境界の基準を満足していたことになります。
このため、６μSv/ｈを基準にすることで、管理区域の境界基準を担保できると考えられていました。
本来ならば、今日の1,300 μSv／３月間で見直すべきかもしれませんが、少し昔の時代の管理基準がレトロとして生き残っているのです。

装置によって評価位置が異なっている理由

骨塩定量分析装置と輸血用血液照射装置で線量の評価位置が異なっているのは、それぞれの装置の使用方法の特性を考慮したものとされています。

謝辞

この回答は自治医大の原子力安全協会の菊地透さんに教えていただきました。

健政発20号（以前の通知）

これの元になったと思われる健政発20号には、放射性同位元素装備診療機器使用室の防護基準が以下のように示されています。
・骨塩定量分析装置は、使用時に6 μSv/h以上となる場所には使用時に間仕切りを設けること
・輸血用血液照射装置は使用時に6 μSv/h以下になる場所に画壁を設けること（意味が今ひとつよく理解できませんが、使用時に滞在する場所の線量率が6 μSv/h以下になるように画壁を設けることと考えられそうです）

関連FAQ

医療放射線防護連絡協議会．医療領域の放射線管理マニュアル＊2006＊
Q&A1-12,1-16

放射性発生装置の免除レベル

「放射性発生装置の免除レベル」については以下が免除レベルに該当すると思いますが、いかがでしょうか？

〔放射線を放出する同位元素の数量等を定める件〕
第2条　令第２条各号列記以外の部分に規定する線量当量率は、１cm線量当量率について600 nSv毎時とする。
(参考）放射性同位元素等の規制に関する法律施行令
第二条　法第二条第四項に規定する政令で定める放射線発生装置は、次に掲げる装置（その表面から10cm離れた位置における最大線量当量率が原子力規制委員会が定める線量当量率以下であるものを除く。）とする。
〔核燃料物質、核原料物質、原子炉及び放射線の定義に関する政令〕
第４条（放射線）
原子力基本法第３条第５号の放射線は、次に掲げる電磁波又は粒子線とする。（４）１MeV以上のエネルギ一を有する電子線及びエックス線

これらの規程はRI法で示された規制対象となる発生装置の中での免除レベルを定めたものであり、放射線発生装置全般に適用されるものではありません。