立ち入り検査は、犯罪捜査ではないとは？

立ち入り検査は、犯罪捜査ではないので、裁判所による令状がなくても事業所に立ち入れることを意味します。
立ち入り検査が犯罪捜査であるとすると、裁判所による令状がなければ、事業所に立ち入って検査することはできません。
言い換えると、立入検査等を犯罪捜査の手段として用いてはならないことを意味することになります。

立ち入り検査で法令違反が見つかった場合に、犯罪捜査につなげてはならないのでしょうか？

立入検査により犯罪捜査の端緒を得てはならないことや、端緒を得た場合に犯罪捜査をしてはならないことは意味しません。
単に立入検査等の名を借りて捜査を行ってはならないことを意味するものであり、犯罪のけん疑がある場合には捜査当局に情報が提供されることになります。

医療法

第六条の八　都道府県知事、保健所を設置する市の市長又は特別区の区長は、医業、歯科医業若しくは助産師の業務又は病院、診療所若しくは助産所に関する広告が第六条の五第一項から第三項まで又は前条の規定に違反しているおそれがあると認めるときは、当該広告をした者に対し、必要な報告を命じ、又は当該職員に、当該広告をした者の事務所に立ち入り、当該広告に関する文書その他の物件を検査させることができる。
４　第一項の規定による権限は、犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない。

第二十五条　都道府県知事、保健所を設置する市の市長又は特別区の区長は、必要があると認めるときは、病院、診療所若しくは助産所の開設者若しくは管理者に対し、必要な報告を命じ、又は当該職員に、病院、診療所若しくは助産所に立ち入り、その有する人員若しくは清潔保持の状況、構造設備若しくは診療録、助産録、帳簿書類その他の物件を検査させることができる。

５　第六条の八第三項の規定は第一項から第三項までの立入検査について、同条第四項の規定は前各項の権限について、準用する。

労働基準監督官は特別司法警察職員

Ｑ．労働基準監督制度の概要について教えてください。

刑事訴訟法

第２３９条第２項 官吏又は公吏は、その職務を行うことにより犯罪があると思料するときは、告発をしなければならない。